Pediatrik onkolojinin tedavisi, bulantı, kusma, saç dökülmesi, yorgunluk, bağışıklığın azalması, sindirim problemleri, büyüme ve gelişimdeki değişiklikler ve duygusal ve psikolojik yönler gibi çeşitli yan etkilere neden olabilir. Tıp uzmanlarından oluşan bir ekip hastayı izleyecek ve yan etkilerle başa çıkmak için gerekli önlemleri alacaktır.